Фамилия Бебенов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или кавказская. Разбирать её удобнее с конца: суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии как ответ на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок человека по прозвищу Бебен. Но вот само слово «бебен» в русских говорах не встречается. Зато в тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском и кумыкском, «бебен» (или «бебек») означает «младенец», «дитя», иногда «кукла». В переносном смысле так могли прозвать младшего сына в семье, позднего ребёнка или, наоборот, взрослого человека за маленький рост или инфантильное поведение.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «беб» — «губа» или «рот». Тогда Бебен — человек с крупными губами, говорун или, наоборот, молчун (по контрасту). Однако в ономастике чаще работает первое значение, поскольку прозвища по возрасту и размеру встречаются повсеместно.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Нижнему Поволжью. В дореволюционных списках Бебеновы изредка фиксировались среди терских казаков и крестьян Астраханской губернии — регионов с плотным тюркским окружением. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем из горских народов, принявшим православие, или же русским, получившим прозвище в иноязычной среде.

Интересно, что фамилия почти не имеет однокоренных «родственников» в русском ономастиконе. Нет массовых Бебенковых или Бебеневых — это указывает на локальное бытование и небольшое число носителей. Вероятно, родословная Бебеновых не уходит глубже XVII–XVIII веков, когда тюркские прозвища начали массово закрепляться в виде фамилий у казачества и однодворцев.