Фамилия Бебенины — одна из тех, где за простой основой кроется сразу несколько бытовых картин из жизни предков. В её центре лежит прозвище Бебеня, а само слово «бебень» в русских говорах было многозначным. Самое прямое значение — «кузов, мешок, плетёная корзина». Отсюда первая версия: родоначальник Бебениных мог заниматься плетением и торговлей лукошками, кузовами, то есть был ремесленником или коробейником. Вторая, не менее житейская версия отсылает к полноте: «бебень» называли также живот, внутренности, кишки. Так могли прозвать тучного, плотного человека — прозвище по внешнему признаку, одно из самых распространённых в народе.

Есть и третья версия, кулинарная. В старорусском быту «бебеней» называли кашу или кисель, сваренные из муки или толокна с добавлением жира или молока. Это сытное блюдо дало прозвище любителю такой еды, а затем и фамилию его потомкам.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бебенин, то есть сын, потомок Бебени. Такая модель характерна для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Форма множественного числа — Бебенины — подчёркивает родовую принадлежность, то есть «семья Бебениных».

Точное место возникновения фамилии установить сложно: процесс становления фамилий у крестьян и посадских людей занял несколько столетий. Однако диалектная основа «бебень» чаще фиксируется в северных и центральных русских говорах, что может служить косвенной подсказкой для поиска корней рода. В любом случае, фамилия Бебенин сохранила в себе живую речь и быт русской деревни — от ремесла до кухни.