Фамилия Бегебо — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но при этом не поддаётся бытовой расшифровке. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная, скорее всего, из тюркских или кавказских языков.

Основа «Беге» восходит к тюркскому «бек» (господин, князь, правитель). В разных диалектах и при адаптации на русский язык «бек» мог превращаться в «бег» или «бей». Вторая часть — «бо» — скорее всего, является усечённой формой тюркского «бай» (богатый, знатный) или персидского «баба» (отец, дед). Таким образом, Бегебо можно расшифровать как «господин-богач» или «княжеский отец». Это типичная составная модель для фамилий, возникших в среде горских народов Кавказа (аварцев, кумыков, лезгин) или у тюркских народов Поволжья.

В русских документах такая фамилия могла закрепиться за выходцами из этих регионов, которые переселялись в центральные губернии или на казачьи территории. Встречается она крайне редко — скорее всего, это фамилия одного или нескольких родов, не получившая массового распространения. Географически её можно связать с Дагестаном, Чечнёй или Астраханской областью, где сильны тюркские и кавказские ономастические традиции.

Словообразовательная модель Бегебо нестандартна для русского уха: здесь нет суффикса принадлежности, фамилия застыла в виде готового прозвища-характеристики. Это значит, что предок носителя фамилии, вероятно, был заметным человеком в своей общине — старейшиной, военным или зажиточным хозяином, которого так и называли: «Бегебо» (почтительный титул). С течением времени прозвище перешло в фамилию, сохранив исходное ударение на последнем слоге.