Фамилия Бегенаева звучит непривычно для центральной России, и это не случайность. Её корни ведут в тюркскую языковую среду, скорее всего, на Северный Кавказ или в Поволжье. Основа фамилии — мужское имя или прозвище Беген. В тюркских языках слово «беген» может означать «князь, господин» (вариант «бек»/«бег») или же восходить к глаголу со значением «быть довольным, одобрять». Вторая версия менее вероятна, но полностью исключать её нельзя: в ономастике известны случаи, когда прозвище давали по характеру или поведению человека.

Суффикс «-аев» указывает на модель образования русских фамилий от тюркских основ. Это типичный патронимический суффикс, который присоединяли к имени отца, оканчивающемуся на согласный или гласный. Бегенаев — буквально «сын Бегена». В русском языке у таких фамилий женская форма образуется добавлением окончания «-а», отсюда Бегенаева.

Географически фамилия распространена в среде башкир, татар, кумыков, ногайцев. Встречается она и у чеченцев, хотя там более характерна форма Бегенов. Если предки носителя фамилии были из Башкортостана, то имя Беген могло быть народной формой арабского имени Багаутдин или другого сложносоставного имени, где первый компонент «бег» (бек) означал знатное происхождение.

Сословная принадлежность предков Бегенаевых могла быть разной. В тюркской среде фамилии на «-ев» и «-ов» получали не только дворяне, но и простые крестьяне, и духовенство — суффикс указывал на семейную принадлежность, а не на статус. Однако само наличие имени с компонентом «бек» намекает, что основатель рода, возможно, был не последним человеком в своём ауле.

Однокоренные фамилии — Бегенов, Бегендиков, Бегеев. Разница в суффиксах отражает региональные особенности: на Кавказе чаще встречается «-ов», в Башкирии и Татарии — «-ев» и «-аев». Сама фамилия Бегенаева нечастая, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — найти своих предков будет проще, чем носителям фамилий вроде Иванова.