Фамилия Беген — редкий для России случай, когда корень почти наверняка не славянский. В русском языке нет слова «бегень» или «беген», а основа не поддаётся разбору по модели «корень + суффикс принадлежности». Поэтому первая и самая вероятная версия — западноевропейское происхождение, скорее всего немецкое или французское.

В немецком языке фамилия Begen (или Beggen) восходит к средневерхненемецкому begen — «заботиться», «ухаживать». Так могли прозвать человека, который работал смотрителем, садовником или слугой при доме. Вторая версия — топонимическая: в Германии есть несколько мелких населённых пунктов с названием Beggen (например, в земле Северный Рейн-Вестфалия). В таком случае фамилия указывала на выходца из этого места. Во французском варианте (Béguin) фамилия могла быть связана с béguine — «бегинка», то есть член полумонашеской женской общины, но это уже другая ветвь, и она встречается реже.

В Российской империи фамилия Беген фиксируется в основном среди немцев Поволжья и Прибалтики, а также в среде обрусевших колонистов. Суффикс не прибавляли, потому что немецкая фамилия и так имела законченную форму. В документах XVIII–XIX веков встречается написание Беген, Бегген, а иногда и Бегин — из-за неразличения «е» и «и» в устной речи.

Если предки носителя фамилии жили в России, с высокой вероятностью они были выходцами из немецких колоний, где фамилия передавалась без изменений. В языке оставили ударение на первом слоге — Бéген, что свойственно немецкой акцентной модели. Славянских аналогов у фамилии нет, хотя по звучанию её иногда путают с фамилией Бегин (от слова «бег»), но это случайное совпадение.