Фамилия Бегенов — редкий случай, где на стыке тюркского корня и русского суффикса образовалась фамилия, почти не имеющая параллелей в других языках. В основе лежит тюркское личное имя Беген (Биген, Бигене). У него два возможных значения: либо от слова «бек» (господин, князь) с уменьшительным аффиксом, либо от глагола «бегену» — «нравиться, быть довольным». Второй вариант правдоподобнее: имя Беген могло означать «желанный» или «тот, кем довольны» — так называли долгожданного ребёнка.

Словообразовательная модель проста: к основе Беген прибавили русский патронимический суффикс -ов, который в XIX–XX веках оформлял фамилии у многих народов Российской империи, принимавших русское подданство или переходивших на оседлость. То есть Бегенов — буквально «сын Бегена». Суффикс -ов, а не -ин, указывает, что имя отца оканчивалось на согласный, что типично для тюркских имён.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили казахи, башкиры, татары и другие тюркоязычные группы, особенно в Оренбургской, Астраханской, Саратовской областях и в Казахстане. Встречается она и у южных славян (болгар, македонцев), но там, скорее всего, независимое происхождение от местных прозвищ, а не единый корень.

В отличие от многих фамилий на -ов, где основа легко читается как профессия или качество, Бегенов заставляет заглянуть в ономастикон тюркских народов. Это пример того, как личное имя, обозначавшее пожелание или характеристику, через поколения превратилось в фамилию, почти утратившую связь с исходным смыслом. Сословная принадлежность носителей не закреплена: Бегеновы могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами — фамилия не несёт однозначной социальной окраски.