Фамилия Бегенеев, вероятно, ведет свое начало от марийского мужского имени Бегеней. Возможно, оно является вариантом имени Веденей, которое представляет собой народную форму крестильного имени Бенедикт (Венедикт). В переводе с латинского оно означает «благословенный», по другой версии – «тот, о ком хорошо говорят». По другой имени, имя Бегеней – это диалектный вариант древнетюркского имени Биккина, означающего «пусть ребенок непременно станет беком». В переводе на русский «бек» -«князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Кроме того, не исключено, что фамилия Бегенеев восходит к топониму Бегеней – существует немало сёл и деревень с таким названием. В этом случае предок Бегенеевых был уроженцем одного из этих селений. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Бегеней, со временем получил фамилию Бегенеев.