Фамилия Бегенеев — редкий пример, где на стыке языковых традиций сошлись сразу несколько возможных корней. В основе, скорее всего, лежит личное имя Бегеней, а сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на -ей добавили патронимический суффикс -ев, означающий «сын» или «потомок Бегенея».

Самая прямая версия ведёт к марийскому мужскому имени Бегеней. Его считают народной формой крестильного имени Венедикт (от латинского Benedictus — «благословенный»). В таком случае фамилия оказывается необычным фонетическим вариантом на почве марийского языка, где звуковой облик имени изменился до неузнаваемости.

Другая гипотеза выводит имя Бегеней из тюркской среды. Здесь оно могло быть диалектным вариантом древнего имени Биккина, в основе которого лежит пожелание: «пусть ребенок непременно станет беком». Бек в тюркской иерархии — это князь, повелитель, господин. Если верна эта версия, то фамилия Бегенеев хранит память о высоком социальном запросе, который предки закладывали в имя.

Наконец, стоит учитывать топонимический след. В разных регионах существуют селения с названием Бегеней (например, в Башкортостане). В этом случае фамилия могла закрепиться за выходцем из такого села — по традиции, человека называли по месту, откуда он пришёл.

Из трёх версий марийская (от Венедикта) выглядит правдоподобнее остальных: она вписывается в модель адаптации христианских имён в финно-угорской среде, тогда как тюркская гипотеза опирается на менее очевидное звуковое сходство. Топонимический вариант тоже возможен, но для окончательного выбора не хватает данных о концентрации фамилии именно в районах сёл Бегеней.