Фамилия Бегенеев образована от имени собственного и относится к распространённому типу финно-угорских фамилий. В её основе лежит марийское мужское имя Бегеней. Это имя — скорее всего, народная форма крестильного имени Венедикт (или Бенедикт). В переводе с латыни оно означает «благословенный» или «тот, о ком хорошо говорят». Однако есть и другая версия: имя Бегеней могло возникнуть как диалектный вариант древнетюркского имени Биккина. Такое имя давали с пожеланием, чтобы ребёнок «непременно стал беком», то есть князем, повелителем или господином.

Фамилию образовали по простой модели: к основе Бегеней добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Такой суффикс указывает на происхождение от отца или главы семьи. Получается, что Бегенеев — буквально «сын Бегенея» или «потомок Бегенея».

Не стоит сбрасывать со счетов и географическую версию. Существует немало сёл и деревень с названием Бегеней (например, в Татарстане и Башкирии). В таком случае фамилия могла закрепиться за выходцем из одного из этих селений — как указание на родину предка.

Спор между этими версиями решается в пользу имени: топонимы Бегеней чаще всего тоже происходят от личного имени, поэтому первичным скорее было имя, а не местность. Фамилия Бегенеев — характерный пример сращения марийской, тюркской и русской языковых традиций.