Фамилия Бекалаев — редкий пример, где корень почти наверняка не славянский, а тюркский или кавказский. Основа «Бекала» (или «Бекал») восходит к имени или прозвищу, которое образовано от двух частей: «бек» (господин, князь, предводитель) и, вероятно, «ал» или «ала» — слово, которое в тюркских языках может означать «алый», «красный» или «брать, хватать». В осетинском языке, например, есть имя Бека, а суффикс -ал может указывать на принадлежность. В итоге прозвище Бекала могло означать «красный (знатный) князь» или, по другой версии, «взявший власть».

Суффикс -ев в фамилии — типичный русский патронимический формант, указывающий на «сына Бекалая» или «принадлежащего к роду Бекала». Такое оформление характерно для фамилий, которые возникли у народов Северного Кавказа и Закавказья, когда они входили в состав Российской империи: русские чиновники или священники приписывали к местным именам стандартные окончания -ов/-ев. Поэтому Бекалаев — фамилия не древнерусская, а сравнительно поздняя, появившаяся в XVIII–XIX веках.

Географически фамилия тяготеет к Осетии, Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. В осетинской среде встречается вариант Беккалаев (с удвоенной «к»), что усиливает связь с именем Бека. В русских переписях XIX века фамилия почти не фиксируется — это косвенно подтверждает её горское происхождение. Носители Бекалаевых, вероятно, происходили из сословия узденей (дворян) или зажиточных крестьян, так как компонент «бек» в имени обычно давали не простолюдинам.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бекаев, Бекиров, Беков — показывает, что Бекалаев стоит особняком из-за редкого аффикса -ал. В тюркских языках этот суффикс иногда придаёт значение «делающий что-то» или «обладающий чем-то». Если прозвище Бекала означало «тот, кто берёт (власть)», то фамилия могла закрепиться за родом военных предводителей или старейшин. Споров среди этимологов почти нет: тюркская основа считается основной, а славянские корни (от слова «бекать» или «бекас») маловероятны, так как не объясняют суффикс -ал.