Фамилия Бекаева чаще всего имеет тюркские корни и образована от мужского имени Бекай. Скорее всего, это имя — упрощённая форма татарского имени Биккай, где «бик» означает «крепкий, сильный». Есть и другая версия: имя Бекай могли образовать от титула «бек» (князь, господин) с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса «-ай». В таком случае Бекай буквально значит «маленький бек» или «князёк» — так могли назвать младшего сына в семье знатного человека или просто дать прозвище с оттенком ласки.

Суффикс «-ев» в фамилии указывает на принадлежность: Бекаев — это «сын Бекая». Модель образования типична для русской среды, куда фамилия попала через обрусение тюркского имени. Встречается фамилия в основном у татар, башкир, а также у народов Кавказа, где имя Бекай бытовало в осетинской и ингушской среде. В осетинском языке «бека» может означать «лягушка», но эта версия менее убедительна, так как прозвище, данное по животному, оставило бы другую словообразовательную цепочку.

Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бекаевых можно лишь на основании генеалогических исследований, но ядро фамилии, скорее всего, сложилось в среде тюркской знати или служилых людей, чьи имена позже вошли в русские родословные книги.