Фамилия Беккожин — типичный пример восточной фамилии, образованной по русской модели. Её основа — составное мужское имя Беккожа, которое, в свою очередь, сложено из двух компонентов, каждый из которых был титулом или почётным званием.

Первый корень — древнетюркское «бек» (князь, повелитель, господин). Второй — «кожа», производная форма персидского имени Ходжа, означающего «наставник», «учитель» или «обладающий большими знаниями». Соединив два высоких статуса в одном имени, родители как бы желали сыну и власти, и мудрости. Такой тип двусоставных имён (Бекмурат, Бексултан, Кожаберген) распространён у казахов, татар, башкир и других тюркских народов.

Фамилия образована с помощью русского патронимического суффикса -ин, который присоединяется к основам на -а/-я. По правилам русской ономастики, из имени Беккожа (где конечное -а указывает на мужской род в тюркских языках) закономерно получилось Беккожин. То есть фамилия буквально означает «сын Беккожи» или «принадлежащий к роду Беккожи».

Географически фамилия Беккожин встречается прежде всего в Казахстане и среди казахов России, особенно в регионах, граничащих с Казахстаном (Астраханская, Оренбургская области). Это указывает на её преимущественно казахское происхождение, хотя не исключены и носители среди других тюркских народов.

Известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано — вероятно, фамилия никогда не была широко распространённой и оставалась в рамках одного-двух родов. Её редкость делает её особенно ценной для генеалогического поиска: носитель Беккожиных почти наверняка происходит из одной конкретной ветви, а корни уходят в среду кочевой знати или духовенства, поскольку оба компонента имени указывают на высокое положение предка.