Фамилия Бектуганов — явный пример тюркского именования, перешедшего в русскую фамильную форму. Её основа — составное личное имя Бектуган, распространённое у многих тюркских народов: татар, башкир, казахов, ногайцев. Первая часть «бек» (или «бик») означает «господин», «князь», «вождь», вторая — «туган» переводится как «рождённый», «родной» или «сокол» (в зависимости от диалекта). Таким образом, имя Бектуган можно понять как «рождённый господином» или «княжеский отпрыск», а в соколиной трактовке — «господин-сокол», что тоже звучало как почётное прозвище.

Русский фамильный суффикс -ов, добавленный к основе, указывает на принадлежность: «сын Бектугана» или «из рода Бектугановых». Такая модель типична для фамилий, которые оформились в XVI–XIX веках, когда тюркские имена фиксировались в русских документах (переписях, метриках) и обрусевали грамматически. Сословно носители фамилии могли быть как служилыми татарами (мурзами), так и крестьянами или казаками — точных данных по конкретному роду нет, но география фамилии (Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье) указывает на регионы активного тюрко-славянского взаимодействия.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, у Бектугановых почти не встречается вариант с «-ев» (Бектуганев) — это говорит о том, что основа имени не воспринималась как мягкая или шипящая. Встречающееся иногда написание «Бектуганов» с удвоенной «н» — скорее всего, ошибка переписчика, так как в тюркских именах на «-ан» суффикс «-ов» даёт одну «н».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Бектуров, Туганов, Беков), то Бектуганов выделяется именно второй частью — «туган» встречается реже, чем «тура» или «бек» в отдельности. Это делает фамилию более редкой и локальной, привязанной к конкретному роду, а не к широко распространённому имени.