По одной из версий, фамилия происходит от некрестильного имени Белка, образованного от названия млекопитающего: «белка». Согласно другой, более вероятной точке зрения, эта фамилия сформировалась на основе прозвища Белка, которое могло либо нести цветовую нагрузку (в таком случае исходным словом является прилагательное «белый»), либо указывать на характер человека (подвижный, шустрый). Возможно также, что прозвище Белка произошло от нарицательного «белка» в значении «самая мелкая металлическая платежная единица Древней Руси»; тогда человек с прозвищем Белка имел отношение к торговле. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Белка, со временем получил фамилию Беличенко.