Фамилия Бельковская принадлежит к числу относительно поздних русских фамилий, образованных по модели, характерной для дворянства и духовенства. Суффикс -ск- указывает на связь с географическим названием или на принадлежность к определённой местности. В основе фамилии, вероятнее всего, лежит название населённого пункта Бельково. Таких деревень в России несколько, но наиболее известная находится во Владимирской области. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Бельковский, которое затем закрепилось как фамилия.

Однако это не единственная возможность. Бельковская могла возникнуть и как отчество второго порядка (так называемая «внучья» форма). В этом случае цепочка выглядит так: сначала было прозвище Белько, от него образовалась фамилия Бельков, а уже от неё — Бельковский («сын Белькова»). Прозвище Белько, в свою очередь, многозначно. Чаще всего его связывали с внешностью: «белый» означало светловолосый, белолицый, бледный. Но «белый» в народной речи имело и переносные смыслы — «милый», «дорогой», «чистый». Существовало и социальное значение: «обелённый» крестьянин, то есть освобождённый от податей. Так что основатель рода мог быть и просто светлым человеком, и тем, кого освободили от тягла.

Фамилия встречается в документах Русской православной церкви. В Книге памяти Рязанской области записан священник Василий Петрович Бельковский, 1877 года рождения, уроженец Тулы. Самая известная фигура с этой фамилией — архиепископ Великоустюжский Алексий, в миру Пётр Филиппович Бельковский (1842–1937). Он прожил долгую жизнь и был причислен к лику святых в 2000 году. В возрасте 95 лет, уже не в силах ходить, он был арестован: сотрудники НКВД вынесли его из дома на простыне. Вскоре архиепископ скончался в тюремном заключении.