Фамилия Белогубиков образована по довольно редкой для русских фамилий модели — от прозвища, в котором соединились два корня: «бел-» и «губ-». Первая часть, «белый», в прозвищах обычно указывала на цвет волос или кожи (белобрысый, бледный), реже — на нравственную чистоту или социальный статус («белый» как свободный, не тяглый крестьянин). Вторая часть, «губа», в древнерусском языке имела не только прямое значение, но и переносное — «губа» могла означать губу как часть лица, а в диалектах — залив, мыс, границу. Однако в основе фамилии, скорее всего, лежит внешняя примета: человек с белыми, светлыми губами — либо бледный, либо с какой-то особенностью этой части лица.

Суффикс «-иков» указывает на происхождение от фамилии или прозвища на «-ик». Сначала возникло прозвище Белогубик (человек с белой губой или, возможно, уменьшительное от Белогуба), а уже от него — Белогубиков, то есть «сын Белогубика» или «потомок Белогубика». Такая цепочка характерна для северных и центральных регионов России, где фамилии на «-иков» встречаются чаще, чем на юге.

В словарях русских фамилий и прозвищ эта фамилия не зафиксирована как широко распространённая, что говорит о её локальном бытовании. Вероятно, предок носителя фамилии жил на территории бывшего Владимиро-Суздальского княжества или в Поволжье — именно там прозвища с корнем «губ-» встречаются в документах XVI–XVII веков (например, крестьянин Губа, Губка). Второй корень «бел-» мог добавиться для уточнения, чтобы отличать одного Губу от другого.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим объектом: «Белая Губа» (название залива или урочища). В таком случае прозвище получил человек, живший у Белой Губы. Однако словообразовательная модель с суффиксом «-ик» (Белогубик) типична именно для личных прозвищ, а не для топонимов, поэтому версия с внешностью предка остаётся основной.

Сословно фамилия не несёт дворянского оттенка — суффикс «-иков» и прозвищная основа указывают на крестьянское или посадское происхождение. Носители фамилии Белогубиков — это, скорее всего, потомки людей, получивших прозвище по заметной черте внешности, и сохранивших его в неизменном виде уже несколько столетий.