Фамилия Белолипецкий — типичный пример «топонимической» фамилии, то есть образованной от названия места, где жил основатель рода. В данном случае основа — Белые Липы. Так могли называть село, деревню или урочище: населённых пунктов с похожим названием немало в России, на Украине и в Белоруссии. Суффикс -ц- и окончание -кий указывают на модель, по которой в XIX веке часто давали фамилии выходцам из таких мест — особенно в среде духовенства и мещанства.

Модель образования проста: к топониму Белые Липы (или Белая Липа) добавили суффикс -ец- и фамильный формант -ский. Буквально Белолипецкий означает «тот, кто из Белых Лип». Такой способ словообразования встречается у многих русских фамилий. Сравните: Белогорцев (от Белая Гора), Белопольский, Белоцерковский (от города Белая Церковь под Киевом), Белослудцев, Белослюдов (слуд, слюд — и пойменный луг, и высокий крутой берег), Беловодов (от беловодье — никем не заселённая, вольная земля). Как видно, «бело-» в составе фамилии часто указывает не на цвет, а на часть топонима, а вторая часть — на конкретный географический объект.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имени или прозвища отца, фамилии на -ский в массе своей возникли позже, в XVIII–XIX веках, и часто закреплялись за выпускниками семинарий или переселёнными крестьянами, которым записывали место выхода. Белолипецкий мог получить и священник, окончивший училище, и крестьянин, переселившийся из села Белые Липы в другую губернию. Сословная принадлежность здесь не закреплена: фамилия встречается и в дворянских родословных, и в крестьянских метриках.

Интересная деталь: форма Белолипецкий — не единственно возможная. В старых документах можно встретить написание Белолипецкой (с окончанием -ой, что характерно для южнорусских говоров) или вариант без суффикса -ц-: Белолипский. Последняя форма встречается реже и скорее указывает на происхождение из места с названием Белая Липа в единственном числе. Но именно вариант с -ц- стал основным и закрепился в современной орфографии.