Фамилия Беляковцев необычна тем, что в ней соединились два суффикса: сначала уменьшительный или указательный на «-ец», а затем типичный русский патронимический «-ов». Такая конструкция встречается редко, и она сразу подсказывает, какую версию происхождения стоит считать основной.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Беляковец. А оно, в свою очередь, произошло от названия населённого пункта — села или деревни Беляково. Таких топонимов по России множество, и житель любого из них мог получить прозвище Беляковец. Примечательно, что в Болгарии, неподалёку от города Велико-Тырново, существует село Беляковец — это ещё один след, показывающий, насколько широко была распространена эта корневая основа. Именно топонимическая версия представляется наиболее правдоподобной: она объясняет и суффикс «-ец» (указывающий на выходца с определённой территории), и последующее добавление «-ов» для образования фамилии.

По другой версии, в основе лежит прозвище Беляк. Изначально так называли светловолосого или бледного человека, но со временем имя Беляк перестало быть чисто описательным и закрепилось как личное. От него могли образовать Беляковца — например, сына Беляка или человека, чем-то похожего на Беляка. Однако эта гипотеза менее убедительна, потому что она не объясняет, зачем понадобился дополнительный суффикс «-ец», если фамилию можно было построить сразу от Беляк.

Таким образом, фамилия Беляковцев — это указание на предка, которого в округе знали как «Беляковец», то есть выходца из Белякова. Со временем это прозвище закрепилось за его потомками и оформилось по стандартной русской модели: Беляковец → Беляковцев.