Фамилия Беляковцева — редкий пример, где суффикс -ев- стоит не на привычном месте. В большинстве русских фамилий на -ев основа оканчивается на мягкий согласный или ц (как в Кузнецов — от Кузнец). Здесь же цепочка длиннее: основа Беляков- плюс суффикс -ев-, а финаль -цев- — это уже усечённая форма от притяжательного прилагательного. Проще говоря, фамилия образована не напрямую от прозвища Беляк, а от более сложного прозвания Беляковец.

Сам Беляковец — скорее всего, прозвище по месту жительства. Населённых пунктов с названием Беляково в России десятки: от Архангельской до Ростовской области. В Болгарии, под Велико-Тырново, есть село Беляковец — и оно могло дать фамилию переселенцам или выходцам оттуда. В русской традиции такие прозвища на -ец (как Ростовец, Москвич) часто закреплялись за человеком, переехавшим из другого края: «Беляковец» — тот, кто родом из Белякова.

Вторая версия проще: Беляковец могло быть формой от имени Беляк. В древнерусской антропонимии Беляк — не только прозвище блондина. Его давали и как охранительное имя: считалось, что «белое» имя отводит тёмные силы. Со временем Беляк перестало быть прозвищем и стало полноценным мирским именем, от которого и пошла фамилия через промежуточную форму Беляковец.

Суффикс -цев- в фамилии указывает на то, что предка звали Беляковец, и его потомки стали Беляковцевыми. Такая модель (основа на -ец + суффикс -ев) встречается реже, чем стандартная -ов/-ев, и выдаёт более позднее оформление фамилии — скорее всего, не раньше XVII–XVIII веков, когда крестьянские фамилии начали массово записывать по отчеству от прозвища отца.