Фамилия Бердбекова — редкий случай, когда в основе лежит не славянское, а тюркское имя, причём с прозрачной внутренней формой. Разбирать её стоит с конца, с суффикса -ов. Он указывает на русский способ оформления фамилии: «чей?» — Бердбеков, то есть потомок человека по имени Бердбек. Женская форма Бердбекова — это та же фамилия, только в варианте для замужних женщин или дочерей.

Само имя Бердбек — составное, из двух тюркских корней. Первая часть, «берд», восходит к древнетюркскому «бер» — «давать». В именах этот корень часто встречается в значении «данный» или «дар». Вторая часть, «бек» (или «бий», «бей»), — титул, означающий «князь», «господин», «правитель». Вся конструкция «Бердбек» переводится примерно как «данный беком» или «дар князя». В ономастике такие имена давали с пожеланием, чтобы ребёнок был под покровительством знатного человека или чтобы сам обладал властью.

Географически фамилия Бердбекова скорее всего уходит корнями в регионы, где были сильны тюркские языки с элементом «бек»: это Кавказ (особенно кумыкская, ногайская или карачаево-балкарская среда), Поволжье (татары, башкиры) или Средняя Азия. Русский суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже в условиях Российской империи, когда тюркские имена адаптировали под русскую грамматику. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образуются от основ на -а/-я, Бердбеков — классический патроним на -ов от мужского имени с твёрдым согласным на конце.

С точки зрения социальной истории, носитель исходного имени Бердбек, скорее всего, не был простым крестьянином. Имя с титулом «бек» обычно давали в семьях, имевших отношение к военной или административной верхушке, хотя к XIX веку оно могло стать просто данью традиции. Встречается и вариант написания Бердбекова через «е» после «р» — это нормальная передача тюркского звука, который в русском языке может записываться по-разному. Если искать однокоренные фамилии, то в тех же регионах бытуют Бердибеков, Бердыев, Бердиев — все они восходят к одной и той же основе «берд» с разными титулами.