Фамилия Бергинер звучит на немецкий лад. В её основе лежит немецкое слово Berg — «гора». Суффикс -er указывает на принадлежность к чему-то или на профессию, а конечное -ner часто встречается в фамилиях, образованных от названий местности. Таким образом, Бергинер — это «тот, кто с горы» или «житель горной местности». Буквально фамилию можно перевести как «горец» или «горный житель».

Скорее всего, фамилия возникла как указание на место проживания. В немецкоязычных землях было множество деревень и хуторов с названиями вроде Berg, Bergen или Bergheim. Человек, переехавший из такого места, получал прозвище Бергинер — «выходец из Берга». Второй возможный вариант: фамилия могла закрепиться за тем, кто жил у подножия заметной горы или на возвышенности, то есть имела чисто топографический смысл.

В Российской империи фамилия Бергинер встречалась в среде немецких колонистов, которых Екатерина II приглашала осваивать Поволжье и Новороссию. Позже носители фамилии расселились по разным губерниям, особенно в городах с крупными немецкими общинами — Одессе, Санкт-Петербурге, Москве. В советское время фамилия стала редкой: многие её носители эмигрировали или ассимилировались.

Словообразовательная модель проста: корень Berg + суффикс принадлежности -er + фамильный формант -ner. В русском языке фамилия склоняется по образцу существительных мужского рода (Бергинера, Бергинеру) и не склоняется у женщин. Ударение, судя по немецкому произношению, падает на первый слог: Бéргинер.

Известных носителей с громкой исторической славой нет — фамилия осталась в тени, что типично для многих переселенческих фамилий.