Фамилия Берин образована от личного имени Бера (или Бер). Чаще всего это имя объясняют древним славянским корнем со значением «оберегатель» или «оберег». Позже тот же корень приобрёл и другое значение — «медведь». Медведь на Руси был тотемным животным, зверем-защитником племени, поэтому имя Бера давали в надежде, что природа примет ребёнка как своего и передаст ему медвежью силу, добродушие и способность защищать. След этого значения остался в русском слове «берлога» — буквально «жилище медведя».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Берин — это «сын Бе́ры» или «человек из рода Бе́ры». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Есть и другая версия происхождения имени Бера — еврейская. В этом случае его переводят как «мой колодец», и тогда фамилия Берин может иметь совсем другую корневую основу. Спор между славянским и еврейским объяснением не решён однозначно, и в каждом конкретном случае всё зависит от истории семьи. Однако для русской ономастики более привычна и лучше документирована версия от славянского «бер» — медведь и оберег.

Фамилия встречается редко, поэтому её носителям проще проследить свою родословную: такие фамилии обычно не смешивались с массовыми, а закреплялись в одной местности или даже в одном роду.