Фамилия Бернате — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Скорее всего, перед нами фамилия западноевропейского, точнее, итальянского или французского происхождения, которая попала в русский язык через миграцию или исторические связи.

Основа фамилии — личное имя Бернард (Bernard), которое в романских языках дало уменьшительные формы Бернардо, Бернардино и, как вариант, Бернате. Суффикс -e в итальянских фамилиях часто указывает на географическую принадлежность или является патронимическим окончанием. В русском контексте фамилия застыла в форме Бернате, без привычных для нас суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу выдает её иноязычное происхождение. Имя Бернард, в свою очередь, древнегерманское: оно состоит из элементов bern (медведь) и hard (сильный, смелый), то есть «сильный, как медведь».

Вероятно, носитель фамилии Бернате — потомок выходца из Италии, Франции или, возможно, Швейцарии (где говорят на французском или итальянском). В XIX веке в Россию приезжало много специалистов из Европы: архитекторов, инженеров, ремесленников, врачей. Фамилия могла закрепиться за семьей, которая осела в Петербурге, Москве или южных губерниях, где были иностранные колонии. Другая, менее вероятная версия — что фамилия пришла через польское или украинское посредничество, где также встречаются подобные формы, но без славянских суффиксов.

Встречаемость фамилии в России крайне низкая, что подтверждает её элитарный или мигрантский характер. В отличие от массовых крестьянских фамилий, Бернате не образована от прозвища или ремесла — это прямой перенос готовой западной фамилии. Если искать аналоги, то можно вспомнить фамилии Бернар, Бернарди, Бернаскони — все они восходят к тому же имени.