Фамилия Бернатова — женская форма от Бернатов, а та, в свою очередь, восходит к имени Бернат. Это имя — один из народных вариантов немецкого Бернхард (Bernhard), который в Средневековье был в числе самых популярных в Германии и Нидерландах. Двусоставное имя Bernhard складывается из двух древневерхненемецких корней: ber(n) — «медведь» и hard — «смелый, храбрый, сильный». Таким образом, исходное значение — «сильный как медведь» или «медвежья отвага».

Популярность имени во многом объясняется почитанием святого Бернарда Ментонского (X–XI века), известного проповедника в Альпах, покровителя альпинистов и горных проводников. Однако в русской среде имя Бернат встречалось редко и, скорее всего, попало через западных переселенцев либо через католические регионы Речи Посполитой. Фамилия Бернатова — явный признак польского или западнорусского происхождения: суффикс -ов-/-ев- указывает на притяжательность («дочь/жена Берната»), а окончание -а закрепляет женский род.

В отличие от более привычных Бернардов или Бернгардтов, форма Бернат прошла через упрощение — выпадение второго корня (-hard) в бытовой речи. Такое сокращение характерно для устного бытования имени среди неродственного населения: славяне часто усекали длинные германские имена до первого слога или основы. Поэтому Бернат — это не столько прямой перевод, сколько адаптированное прозвище или обиходное имя, которое и закрепилось в фамилии.

Встречаемость фамилии Бернатова в современных источниках невысока — она редкая, сосредоточена в основном на западе России и в бывших польских губерниях. Среди возможных носителей могли быть потомки обрусевших немцев, поляков или белорусов, принявших православие и получивших фамилию по имени отца. Мужской вариант Бернатов встречается ещё реже.

Словообразовательно фамилия проста: корень Бернат- + суффикс -ов- (притяжательный) + окончание -а. По той же модели построены Бернатович, Бернацкий и Бернадин, но Бернатова стоит особняком из-за прямого заимствования имени без дополнительных славянских суффиксов. Это указывает на относительно позднее оформление фамилии — не ранее XVII–XVIII веков, когда имя уже бытовало в усечённой форме.