Фамилия Бержанина — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии происхождения. Её основа — не имя и не ремесло, а топоним: река Бержа или одноимённый населённый пункт. Такие названия встречаются в бассейне Западной Двины, на стыке современных Псковской области России и Витебской области Беларуси. Речка Бержа (приток Дриссы) дала имя нескольким деревням — Бержа, Бержаны, Бержанка. Житель такой местности получал прозвище Бержанин, а его потомки становились Бержаниными.

Окончание -ина указывает на принадлежность: буквально «из семьи Бержанина». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -анин/-янин. Суффикс -янин в исходном слове означал «житель» или «выходец»: отсюда и «бержанин» — человек с Бержи. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и южных регионах, -ин характерен для северных и северо-западных областей — что косвенно подтверждает псковско-белорусский след.

Менее вероятная версия связывает фамилию с личным именем Бержа — краткой формой от Борислав, Бронислав или даже Бернард. В этом случае Бержанин означал бы «сын Бержи», а фамилия попала бы в тот же ряд, что и Бержин, Бержов. Однако распространённость топонимов с корнем «берж-» в пограничье России и Беларуси делает эту гипотезу слабее: когда есть конкретная река и деревни, незачем искать редкое имя.

Сословный состав носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или однодворцы. В XIX веке Бержанины фиксируются в переписях Псковской губернии, в частности в Себежском уезде. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено, что тоже говорит в пользу «топонимического» происхождения: фамилии по месту жительства редко возникали у знати, предпочитавшей родовые прозвания по владениям (вроде Бержанских).

Фамилия сохранила архаичную форму: современный язык скорее образовал бы Бержанский или Бержанов. Бержанина — это застывший родительный падеж, который в быту мог звучать как «Бержанина жена» или «Бержанина дочь». Со временем окончание закрепилось в роли фамильного, и сейчас это женская форма, а мужская — Бержанин. Встречаются варианты написания с одной «н» (Бержанина) — это орфографическая ошибка, не меняющая сути.