Фамилия Бесенко образована от древнего славянского имени-оберега Бес. В языческой традиции существовал обычай давать ребёнку имя с негативным значением, чтобы обмануть злых духов и защитить его от бед. Родители, желая сыну здоровья и красоты, нарекали его Бесом или ласкательным Беско, полагая, что тёмные силы не позарятся на такого «плохого» малыша. Со временем это охранительное прозвище закрепилось в быту и окончательно вытеснило крестильное имя, перейдя в фамилию.

По своей модели фамилия относится к распространённому украинскому и южнорусскому типу на -енко. Суффикс -енко в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок», так что Бесенко буквально читается как «сын Беса». Такая форма была особенно популярна в казацкой среде на Левобережной Украине, в Слобожанщине и на Кубани, где фамилии на -енко фиксировали принадлежность к определённому роду.

В отличие от фамилий с корнем «бес-», которые могли возникнуть от названия профессии (например, бесноватый или беснующийся), версия с именем-оберегом выглядит более убедительной. Прямых указаний на связь с конкретным ремеслом или социальным статусом предков нет, но ареал фамилии — преимущественно южные регионы — подтверждает её украинское происхождение.

Стоит отметить, что в некоторых говорах слово «бес» могло употребляться и как прозвище для бойкого, озорного человека, но в случае фамилии Бесенко первичным, скорее всего, был именно обережный смысл: родители надеялись, что имя отпугнёт зло и принесёт мальчику удачу.