Фамилия Бешенцеа — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено. Скорее всего, перед нами не оригинальная форма, а результат ошибки в документах или записи со слуха. Самая вероятная версия — что правильная фамилия Бешенцев, а конечное «а» — это либо описка, либо попытка передать женский вариант (Бешенцева без последнего слога), либо украинское или белорусское произношение, где окончание могло редуцироваться.

Если же отталкиваться от формы Бешенцев, то её основа прозрачна: прилагательное «бешеный». В древнерусском языке это слово имело два основных значения. Первое — буквальное: «страдающий бешенством», «взбесившийся» (о животном). Второе — переносное: «неистовый», «яростный», «вспыльчивый» человек. Прозвище Бешеный могли дать человеку с буйным, неуравновешенным характером, либо тому, кто занимался лечением или отловом бешеных собак и скота. На Руси такие прозвища не несли обязательной негативной окраски — они часто обозначали яркую, заметную черту.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Бешеного». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: сначала появлялось прозвище, затем отчество на -ов/-ев, которое со временем закрепилось как фамилия. Географически фамилия Бешенцев (и её вероятные искажения) встречается в центральных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниях, где диалектное произношение часто «съедало» окончания.

Версия, что фамилия происходит от названия населённого пункта (например, деревни Бешенцево), менее вероятна, но не исключена. Такие деревни действительно есть в Пермском крае и Кировской области, однако они, как правило, названы по фамилии первопоселенцев, а не наоборот. Таким образом, корень фамилии — в личной характеристике предка, который чем-то запомнился современникам как человек необузданный или имеющий отношение к бешенству животных.