Фамилия Бескишкин — русский вариант украинской фамилии Бескишка, которая восходит к одноимённому прозвищу. Корень здесь — не очевидный, а скорее ироничный, характерный для украинской антропонимической традиции. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Бескишкин — «сын или потомок Бескишки».

Разбираем прозвище. Первая и наиболее прямая версия: Бескишка — это «без кишок». В прямом смысле так могли назвать человека с хроническими проблемами пищеварения, в переносном — того, кто очень мало ел, был худым или неприхотливым в еде. Это типично бытовое, наблюдательное прозвище, каких много в славянской среде.

Вторая версия отталкивается от украинского слова «кiшка» — кошка. Тогда Бескишка — человек, в доме которого не водились кошки. Прозвище могло быть шутливым: либо хозяин не любил кошек, либо мыши у него не переводились. Такие именования с отрицанием «без-» встречаются в украинской ономастике (ср. Безбородько, Безручко) и несут оттенок насмешки или констатации особенности.

Словообразовательная модель проста: отрицательная приставка «бес-» (фонетический вариант «без-») + основа «кишк/кiшк» + суффикс «-а» (украинское прозвище) → русификация через суффикс «-ин». Фамилия недвусмысленно указывает, что предок носителя фамилии был выходцем с украинских земель, а затем фамилия адаптировалась в русской среде.

Окончательно утверждать, какая из версий верна, сложно: обе лингвистически допустимы, и выбор зависит от конкретной семейной истории. Но первая версия — с «кишками» — выглядит правдоподобнее, так как телесные особенности чаще становились основой для прозвищ, чем отсутствие домашнего животного.