Фамилия Бескишков — редкая и прозрачная по смыслу, но неочевидная по происхождению. Её основа — прилагательное «бескишковый» или существительное «кишка». Фамилия образована по модели «без + основа + суффикс»: слово «бескишков» (человек, у которого нет кишок) обрастает типичным русским фамильным суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «сын Бескишка». Такой способ словообразования — приставочно-суффиксальный — встречается у фамилий, возникших из прозвищ, описывающих внешность или внутренние качества: Безруков, Беспалов, Бескишков стоит в том же ряду.

Самый вероятный источник — прозвище Бескишка, данное человеку с необычной худобой, впалым животом или слабым здоровьем. В русских говорах «кишка» означала не только часть пищеварительного тракта, но и живот, брюхо. «Бескишковый» — тощий, поджарый, словно без внутренностей. В крестьянской среде, где полнота ассоциировалась с достатком и силой, такое прозвище было точным и запоминающимся. Менее вероятно, но возможно, что прозвище возникло в среде охотников или рыболовов: «бескишковый» мог называть рыбу или дичь без внутренностей — и тогда прозвище перешло на человека, занимавшегося разделкой.

Фамилия редкая, встречается в основном на юге России — в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в Беларуси. Это указывает на возможное западное влияние: в белорусских говорах «кишка» также имеет значение «живот», а приставка без- в фамилиях встречается часто (Безмен, Беззубов). Вариант написания с одной -с- (Бескишков) — нормативная форма, хотя в дореволюционных записях могла встречаться двойная «с» по аналогии с «бес», что не меняет смысла.

Сословно фамилия, скорее всего, принадлежала крестьянам или мещанам — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В списках казачьих войск Бескишковы не числятся, хотя прозвищный характер фамилии сближает её с казачьей традицией давать меткие уличные клички. Известных носителей, оставивших след в истории, нет — фамилия осталась в тени, что типично для прозвищ, описывающих телесные особенности.