Фамилия Бескишкин — один из примеров того, как украинское прозвище превратилось в русскую фамилию. Она образована от украинской фамилии Бескишка с помощью русского суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Бескишки». Сама основа Бескишка — это прозвище, и у него есть как минимум две версии происхождения.

Первая, более прямая, отталкивается от словосочетания «без кишок». В украинском языке «кишки» — те же внутренности. Прозвище могло закрепиться за человеком, у которого были проблемы с пищеварением, или, иронично, за тем, кто очень мало ел. Такие «физиологические» прозвища были распространены в народной среде — они не обязательно несли оскорбительный смысл, скорее метко описывали человека.

Вторая версия связывает прозвище с украинским словом «кiшка» — кошка. Тогда Бескишка — это человек, в доме которого не было кошек. Версия менее очевидная, но тоже возможная: в традиционном крестьянском быту кошка считалась почти обязательным атрибутом дома (ловила мышей), и её отсутствие могло стать поводом для прозвища. Обе версии объединяет ироничный характер именования — такие прозвища давали не в обиду, а для узнаваемости.

С точки зрения словообразования фамилия Бескишкин — типичная «малороссийская» фамилия, адаптированная под русскую модель. Суффикс -ин (как в фамилиях Пушкин, Бородин) здесь присоединён к основе, оканчивающейся на -а. Это указывает на то, что носитель фамилии, скорее всего, выходец с территории современной Украины, переселившийся в великорусские земли. Встречаемость фамилии низкая, что подтверждает её локальное происхождение от одного прозвища.