Фамилия Бибульдин — редкая, и её разбор заставляет заглянуть в словари тюркских языков. В основе, скорее всего, лежит мужское имя Бибульда (вариант Бибулда), которое образовано от двух слов: «би» (бек, князь, господин) и «бульда» (форма глагола «быть», «становиться»). Имя Бибульда, таким образом, можно перевести как «будь господином» или «стань князем» — типичное пожелательное имя, которое давали мальчикам, чтобы они выросли влиятельными людьми.

Фамилия образована по русской модели на -ин. В русской ономастике суффикс -ин присоединяется к основам, оканчивающимся на -а, -я. Имя Бибульда дало форму «Бибульдин» — «чей?» — «сын Бибульды». Это стандартная схема для фамилий, возникших в среде, где русское делопроизводство фиксировало тюркские имена: татарская, башкирская, казахская среда в XVI–XIX веках.

Есть и вторая, менее вероятная версия, которую иногда встречаешь в любительских этимологиях: связь с диалектным словом «бибулька» (пузырёк, мелкая ёмкость). Но эта гипотеза слабая. Во-первых, прозвище «Бибульда» от названия пузырька — нетипично для антропонимии; во-вторых, фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением, где имя Бибульда засвидетельствовано. Поэтому первая версия — основная.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале, особенно в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области. Носители — потомки служилых татар или башкир, которые переходили в русское подданство и получали фамилии по отцу. Сословно это могли быть как крестьяне, так и мелкие дворяне, но точных данных по конкретным родам Бибульдиных в открытых источниках мало.

Написание фамилии устойчивое, с двойным «и» в суффиксе — Бибульдин, а не Бибулдин. Ударение, судя по произносительной норме, падает на последний слог: Бибульди́н.