Фамилия Бидайбекова — женская форма фамилии Бидайбеков, и её происхождение уводит нас в казахскую и тюркскую ономастику. В основе лежит составное личное имя Бидайбек, где первая часть «бидай» с казахского переводится как «пшеница», а вторая — «бек» (тюркский титул, означающий «господин», «князь», «вождь»). Таким образом, имя Бидайбек можно истолковать как «господин пшеницы» или «богатый пшеницей». Скорее всего, так называли человека, владевшего большими хлебными угодьями, или того, кто занимался торговлей зерном.

Словообразовательная модель здесь типична для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс -ов/-ев. В казахской среде отчество или родовое имя образовывалось путём прибавления к имени отца окончания -ұлы (улы) или -қызы (кызы), но при включении в российскую паспортную систему в XIX–XX веках такие имена часто оформляли по русскому образцу: к основе имени добавляли суффикс -ов/-ев. Так Бидайбек стал Бидайбековым, а его дочь или жена — Бидайбековой.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и соседним областям России (Астраханская, Оренбургская), где исторически были сильны казахские роды, занимавшиеся земледелием. Встречается она и в Кыргызстане, где слово «бидай» тоже означает пшеницу. Интересно, что в отличие от многих степных фамилий, образованных от воинских титулов (батыр, мерген) или скотоводческих терминов (койлы, жылкы), эта фамилия прямо указывает на оседлый, земледельческий уклад предков.

С точки зрения морфологии, фамилия необычна тем, что в ней два корня, а ударение, скорее всего, падает на последний слог — Бидайбекóва, хотя в бытовой речи возможны варианты. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то можно вспомнить Бидаев (от имени Бидай) — более короткую форму без титула «бек», что косвенно подтверждает: Бидайбеков — более «статусная» версия, указывающая на знатного или зажиточного хлебороба.