Фамилия Бисагина — редкий случай, когда с первого взгляда неясно, с чего её разбирать. Основа «Бисаг» звучит нехарактерно для славянских прозвищ, и здесь, скорее всего, корень иноязычный. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией, образованной от географического названия или от тюркского прозвища.

Самая вероятная версия: фамилия восходит к тюркскому слову «бисаг» или «бесаг» — «пять» и «число», «счёт». В тюркских языках «беш» (пять) может влиять на форму «бис-» в некоторых диалектах. Прозвище Бисаг мог получить человек, который вёл учёт, был сборщиком податей, или же просто тот, кто родился пятым ребёнком в семье. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Бисагин — «сын (или потомок) Бисага».

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — связь с топонимом. В Татарстане и Башкортостане есть населённые пункты с похожими названиями (например, деревня Бисяга). Выходец из такого места мог получить прозвище Бисага, а его дети стали Бисагиными. Эта версия объясняет, почему фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, в зоне активных русско-тюркских контактов.

С точки зрения словообразования, фамилия чисто русская по модели (суффикс «-ин»), но с нерусской основой. Это типично для фамилий, которые возникли на окраинах Московского государства в XVI–XVII веках, когда служилые люди, крестьяне и казаки получали прозвища от местных народов. Другие варианты написания (Бисагин, Бисагина) редки и, скорее всего, являются результатом вариативного произношения в документах.

Итак, предки носительницы фамилии Бисагина могли быть либо людьми, имевшими отношение к счёту или сбору чего-либо (от тюркского «пять»), либо выходцами из конкретной деревни с похожим названием. Чётко определить сословную принадлежность (дворяне, крестьяне) по такой редкой фамилии без генеалогического исследования невозможно — она встречается в разных слоях населения, но географически тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением.