Фамилия Благинена — редкий пример, когда форма на -ена сохранилась не в застывшем виде, а как живой след притяжательного падежа. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ на -а/-я (Благин от Благиня), а на -ов/-ев — от основ на согласный. Форма Благинена — это не просто вариант, а древняя краткая форма притяжательного прилагательного женского рода: «чья?» — Благинена, то есть «дочь (или вдова) Благина». Такая модель характерна для северных и сибирских говоров, где патронимы на -ена долго держались в быту. Если фамилия Благинена встречается в документах, это почти наверняка указывает на корни из Архангельской, Вологодской областей или бывших территорий Русского Севера.

Основа фамилии — прозвище или мирское имя Благиня. В древнерусском языке «благой» имело два противоположных значения: «добрый, хороший» и «плохой, бедный». Слово «благиня» могло означать либо добрую, кроткую женщину, либо, наоборот, непутевую, «блажную» — отсюда и современное «блажной». Второе значение перевешивало в народной речи: Благиней чаще называли человека со странностями, чудака или того, кто «блажит», капризничает. Менее вероятная, но возможная версия — связь с церковнославянским «благой» в значении «красивый, благообразный», но в бытовой среде это значение почти вытеснилось.

Мужской вариант фамилии — Благинин, но встречается он редко. Женская форма Благинена закрепилась как наследственная именно в тех семьях, где когда-то не перешли на общую фамилию по мужской линии, а сохранили старую форму «по матери» или «по вдове». Такое случалось, если женщина оставалась главой двора, и детей записывали на её родовое прозвище. Поэтому носительницы фамилии Благинена, скорее всего, происходят из крепких северных крестьянских родов, где женщины играли заметную роль в хозяйстве.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Благин, Благов, Блаженов — показывает, что Благинена стоит особняком. Благов — от церковного «благо», Блаженов — от «блаженный», а Благин и Благинена — от живого разговорного прозвища, без книжного налёта. Это фамилия, которая не придумана в семинарии, а родилась в избе, и её форма — лучшее доказательство.