Фамилия Благоня — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не скрыто за суффиксами. В ней нет типичных фамильных окончаний вроде -ов или -ин, и это сразу указывает на её происхождение: перед нами либо украинская, либо белорусская фамилия, застывшая в форме исходного слова. В русской традиции такие фамилии чаще встречаются на западе и юге, где прозвища нередко переходили в фамилии без переделки.

Основа — «благо», но не в отвлечённом, а в бытовом значении. В южнорусских и украинских говорах «благой» означало не только «хороший», но и, наоборот, «плохой», «злой», «бедовый». Слово «благоня» — это ласкательная или уменьшительная форма от «благой», как «тихоня» от «тихий» или «смирня» от «смирный». То есть Благоня — человек, которого прозвали за какой-то яркий, возможно, неуживчивый характер: то ли «блажной», то ли «благой» в смысле «чудаковатый». Вторая версия, менее вероятная, — от имени Благослав или Благомир через домашнюю форму Благоня, но для этого нет надёжных письменных подтверждений.

Суффикс -оня характерен для прозвищ, образованных от прилагательных: он придаёт слову оттенок свойства или привычки. Такие прозвища давали людям в деревне, и они легко становились фамилиями в тех регионах, где не было обязательного добавления патронимических суффиксов. Если бы фамилия русифицировалась, она бы звучала как Благонин или Благоничев, но этого не произошло — значит, носители сохранили исходную форму.

Среди однокоренных фамилий — Благой, Благов, Благонравов. Но Благоня стоит особняком: она не указывает на род занятий или отчество, а прямо называет человека по его внутреннему качеству, каким его видели соседи. Географически фамилия встречается в основном в Черниговской, Гомельской и Брянской областях — на стыке трёх восточнославянских культур, где такие «голые» прозвищные фамилии особенно живучи.

Для того, кто носит фамилию Благоня, она — прямой голос предка, который когда-то получил меткое прозвище. Поиск в документах XIX века, скорее всего, приведёт в крестьянскую среду, где фамилии только закреплялись. Установить точное значение — «добрый» или «бедовый» — можно только через местные говоры той волости, откуда пошёл род.