Фамилия Бобельнюк — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по модели, распространённой на западе Украины и в Беларуси. Её основа — прозвище или имя Бобель, а суффикс -юк указывает на принадлежность: Бобельнюк буквально значит «сын Бобеля» или «потомок Бобеля».

Корень «боб-» в славянских прозвищах многозначен. Самое очевидное — от слова «боб»: так могли назвать невысокого, плотного человека (по ассоциации с округлым бобовым зерном) или, напротив, того, кто выращивал бобы или торговал ими. Но есть и другая версия, не менее правдоподобная. В польском и украинском языках «бобель» (bobel) — диалектное название водяного пузыря, волдыря или даже капризного, обидчивого человека. Прозвище могло закрепиться за тем, кто легко «надувался» от обиды, или за ребёнком, который постоянно пускал пузыри. Третья линия ведёт к литовскому bóbelė — «старуха, бабка»: в пограничных с Литвой районах такое прозвище могло достаться мужчине, который жил со старой матерью или вёл хозяйство по-старушечьи.

Суффикс -юк — типичный для западных регионов Украины (Волынь, Подолье, Галичина) и юго-запада Беларуси. В отличие от русского -ов/-ев, он не указывает на прямое владение, а скорее на родство. Это значит, что первые носители фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане, а не дворяне, так как патронимические фамилии на -юк в среде шляхты встречались редко.

Встречаются варианты написания: Бобельнюк, Бобэльнюк, Бобільнюк. В дореволюционных метрических книгах фамилию могли записать на слух — Бобеленюк или Бобельник. Однокоренные фамилии — Бобель, Бобельский, Бобельчук — разошлись по разным суффиксальным моделям, но указывают на одного общего предка с прозвищем Бобель.

Точных сведений о географическом распространении фамилии в прошлом нет, но современные данные показывают концентрацию носителей в Тернопольской, Хмельницкой и Ровенской областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Западной Сибири.