Фамилия Боболя — редкий случай в русском ономастиконе, где польский след почти не скрыт. Вопреки ожиданиям, её корень не в русском «боб» (бобр), а в польском прозвище Bobola, образованном от слова bób — «боб». Это типичная модель для фамилий, которые давали по роду занятий или мелочам быта: Боболя мог быть огородником, торговавшим бобовыми, либо человеком с небольшой, круглой головой, которую в шутку сравнивали с бобом.

Словообразовательный суффикс -я нехарактерен для русских фамилий, но обычен для польских, где он выполняет роль уменьшительно-ласкательного или прозвищного окончания. Сравните с фамилиями Костя, Валя в русском — но там это усечённые формы имён. У Боболи же основа чисто нарицательная, что указывает на прозвище, а не на крестильное имя.

Исторически фамилия плотно связана с католическим миром. Самый известный носитель — Андрей Боболя (1591–1657), польский иезуит и миссионер, причисленный к лику святых. Его фамилия не случайна: род Боболей действительно происходил из шляхты герба Лелива, но прозвище, скорее всего, уходило корнями в крестьянскую или мещанскую среду, а потом закрепилось за дворянским родом. В русском контексте эта фамилия могла появиться после разделов Речи Посполитой, когда часть польской шляхты оказалась в составе Российской империи, либо через униатских священников на западе Беларуси и Украины.

Встречается фамилия и в форме Боболь, что может быть вариантом или самостоятельным прозвищем от того же корня. Географически Боболя сосредоточена в Польше, а на территории бывшей Российской империи — в Гродненской, Виленской и Волынской губерниях. В современной России она крайне редка; если вы встретили её в своём роду, это почти наверняка указывает на польские или западнорусские корни, возможно, связанные с католическим или униатским духовенством.