Фамилия Бобоня — редкий пример, когда прозвище стало фамилией без добавления типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. В русской ономастике такие «неоформленные» фамилии чаще всего встречаются на западе и юге России, в частности на Украине и в Белоруссии, где фамилии вроде Бобоня, Голота или Непийвода не редкость. Но Бобоня могла возникнуть и в центральных областях — как прозвище, которое закрепилось за человеком и передалось детям без изменений.

Основа фамилии — слово «бобоня». В русских говорах так могли называть человека с пухлыми щеками или того, кто любит бобы (как бобовое растение, так и бобовую похлёбку). Бобы — сытная, простая еда, поэтому прозвище могло относиться к крестьянину, который, например, торговал бобами или славился умением их выращивать. Однако есть и другая, более тёмная версия: в некоторых диалектах «бобоня» — это увалень, мешковатый человек, что тоже могло стать основой для прозвища.

Суффикс -оня (как в словах «тихоня», «сладконя») в прозвищах часто придаёт оттенок ласкательности или иронии. То есть Бобоня — не просто «боб», а «бобок», «бобушка»: так могли называть маленького, круглого человека или, наоборот, неуклюжего. В любом случае, фамилия звучит по-домашнему, напоминая о бытовой, крестьянской среде.

Известных носителей фамилии Бобоня в истории почти нет — это редкая фамилия, которая не попала в дворянские родословные книги. Скорее всего, предки Бобони были крестьянами или мещанами, жившими в небольших сёлах. Сегодня фамилия встречается в России и на Украине, но крайне редко, что делает её ценной для тех, кто ищет свои корни: каждый носитель — почти уникальный случай.