Фамилия Бобонов образована от прозвища Бобон. По одной из версий, оно ведет свое начало от аналогичного древнегреческого слова со значением «завязанный с двух сторон, растянутый в разные стороны, двуначальный». В таком случае фамилия Бобонов, предположительно, является искусственной и могла быть дана семинаристу за его личностные качества — разностороннюю развитость, эрудицию, либо же неискренность, лукавость. Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило нарицательное «боб» - «любое зернышко стручковых растений: фасоли, гороха». Вероятно, Бобоном окрестили крошечного новорожденного, или же взрослого человека маленького роста и хрупкого телосложения. Возможно также, что прозвище Бобон относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка: он мог заниматься выращиванием бобовых растений. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бобон, со временем получил фамилию Бобонов.