Фамилия Бобонаков — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -аков (а не на -ов) часто указывает на тюркскую или восточную основу, где конечный звук основы был «а». В русской ономастике по правилу фамилии на -аков образовывались от имён или прозвищ, оканчивающихся на -ак, -ака. Но здесь мы видим не «Бобонак», а «Бобонаков» — это значит, что в основе лежит имя или прозвище, которое уже имело форму «Бобонак».

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского личного имени Бобонак. Оно составное: первая часть «бобо» (в тюркских языках — «дед, предок, уважаемый старец», часто входит в состав имён как почётный компонент), вторая — «нак», уменьшительно-ласкательный аффикс. Таким образом, Бобонак — это что-то вроде «уважаемый дедушка» или «почтенный старец» в уменьшительной форме. Фамилия Бобонаков, соответственно, означает «потомок Бобонака». В этом случае предок носителя фамилии был человеком с таким именем, возможно, уважаемым в своей общине.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: связь с диалектным русским словом «бобона» — так в некоторых говорах называли бабочку или мотылька. Если допустить, что существовало прозвище Бобонак (от «бобона» с суффиксом -ак, как «рыбак» от «рыба»), то фамилия могла бы означать «сын прозвища Бобонак». Однако эта версия слаба: суффикс -ак в русских прозвищах обычно образует названия лиц по действию (гуляка, трудяга), а не по объекту. К тому же форма «Бобонаков» с ударением на «а» (Бобона́ков) гораздо естественнее звучит в тюркском контексте, чем в русском.

Географически фамилия Бобонаков встречается преимущественно в регионах с тюркским населением или в смешанных зонах — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. В дореволюционных списках она не фиксируется как дворянская или купеческая; скорее всего, носители были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по имени отца при переписях XIX века. Таким образом, Бобонаков — это фамилия, чей корень ведёт к тюркскому миру, а не к славянскому, и её основное значение — «потомок почтенного старца».