Фамилия Бобоновы отсылает к прозвищу Бобон, и в её основе лежит как минимум две версии, заметно различающиеся по духу. Первая — книжная, почти кабинетная: древнегреческое слово, означавшее «двуначальный» или «растянутый в разные стороны». Такие искусственные фамилии часто давали в семинариях — не по внешности или ремеслу, а за склонность к спорам или, наоборот, за широту познаний. Если эта версия верна, то первый Бобонов мог быть семинаристом, которого преподаватели сочли лукавым или чересчур разносторонним.

Вторая версия куда приземлённее, но оттого и правдоподобнее. В её основе — обычный боб, то есть зерно стручковых. Прозвище Бобон могло закрепиться за человеком маленького роста и хрупкого сложения — как бобок, горошина. Либо за тем, кто растил и продавал бобовые, то есть за крестьянином или огородником. Такие прозвища по роду занятий — одни из самых естественных в русской среде, и фамилия Бобонов вполне могла возникнуть именно в крестьянской или посадской среде, без всякой семинарской книжности.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Бобон- добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Бобонов сын, Бобоновы люди). Форма Бобоновы — это множественное число, которым в русской традиции обозначают весь род целиком. Где именно впервые появились Бобоновы — вопрос открытый: фамилия не привязана к одному региону, но встречается в центральных областях России и в Поволжье. Как и у многих родовых имён, точная дата её возникновения не установлена, но сам тип фамилии с суффиксом -ов окончательно сложился к XVII–XVIII векам.