Фамилия Бобонэць звучит необычно для русского уха, и это объяснимо: её корни ведут не в центральные великорусские земли, а на запад или юго-запад славянского мира. Скорее всего, это украинская, белорусская или польская фамилия, где сохранился суффикс -эць (или -ець), который в русском языке часто превращался в -ец. В украинском языке этот суффикс мог иметь уменьшительное или принадлежное значение, а также указывать на происхождение: «сын такого-то» или «выходец оттуда-то».

Основа фамилии — Бобон. Это, вероятнее всего, производная форма от канонического имени Варфоломей или от славянского имени Боб. Варфоломей в народной речи сокращался до Бахваль, Фома, а в некоторых говорах — до Бобон, Бобо. Однако более вероятна версия, что в основе лежит мирское прозвище или имя Бобон, которое образовано от «боб». У славян было распространено имя Боб (или Бобан), которое давали ребёнку как оберег: считалось, что названный в честь бобов — растения плодовитого и неприхотливого — будет здоровым и сытым. Суффикс -он (Бобон) — это ласкательная форма, как Иван — Иванон, Пётр — Петрон.

Таким образом, Бобонэць — это «сын Бобона» или «маленький Бобон». Фамилия указывает на то, что предок носителя носил прозвище или имя Бобон, и в какой-то момент его дети стали писаться как Бобонэцы. В польской традиции окончание -ец (Bobońec) могло означать принадлежность к какому-то месту или роду, но в данном случае антропонимическая версия — «потомок Бобона» — выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам Украины (Волынь, Подолье, Галичина), а также к юго-восточной Польше. Встречается в вариантах Бобонец, Бобонець, Бобонь. В России такая фамилия редка, и её носители, скорее всего, потомки выходцев из этих земель. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и мещанами — фамилия не несёт признаков дворянского суффикса (-ский) или типично крестьянского -ов/-ев в русской огласовке.