Фамилия Бобонин — редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — не имя, не профессия, а прозвище, и ключ к разгадке лежит в диалектной лексике.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Бобони). Само прозвище Бобоня, скорее всего, связано с диалектным словом «бобоня» — так в некоторых русских говорах называли боб, стручок или что-то круглое и надутое. Прозвище могли дать человеку с округлой фигурой, пухлыми щеками или, в переносном смысле, медлительному, «надутому» человеку. Вторая версия — звукоподражательная: «бобоня» могло означать бормочущего, невнятно говорящего человека, от глагола «бобонить» (бормотать, ворчать). Этот глагол фиксируется в рязанских и тамбовских говорах, что указывает на возможный ареал возникновения фамилии — южнорусские регионы.

Интересно, что у фамилии нет связи с распространённым именем Борис (в отличие от Боборыкин, где корень иной). Бобонин стоит в одном ряду с однокоренными, но ещё более редкими фамилиями Бобоня, Бобонькин. Все они восходят к одному прозвищному гнезду, но Бобонин закрепился в форме притяжательного прилагательного, что типично для крестьянских фамилий центральной России, оформлявшихся в XVII–XIX веках.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается. Географически она рассеяна, но чаще фиксируется в Вологодской, Кировской и Нижегородской областях — возможно, в результате миграций из южных губерний. Точных сведений о знаменитых носителях нет, но это типичный случай, когда фамилия ценна не громкими именами, а чёткостью своего бытового корня: предок Бобониных был либо круглолицым, либо ворчливым человеком, и это прозвище закрепилось за его потомками на века.