Фамилия Бобовка — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив уменьшительно-ласкательный суффикс -к-. В русской ономастике фамилии на -ка чаще всего встречаются в украинской и белорусской среде, но и в южнорусских говорах такая модель не редкость. Основа здесь прозрачна: «боб» — зерно бобового растения.

Самый прямой путь к фамилии — прозвище по внешности или характеру. Бобовкой на Руси могли назвать низкорослого, плотного человека (по аналогии с округлым бобом) или, наоборот, того, кто постоянно ел бобы — простую и доступную пищу. В некоторых говорах «бобовка» означала также небольшую деревянную чашку или долблёную посудину — тогда прозвище могло закрепиться за мастером, делавшим такую утварь. Третья версия, менее вероятная, — связь с диалектным словом «бобовник» (растение), но без суффикса -ник основа «бобов-» скорее указывает на прямое отношение к бобу.

Географически фамилия Бобовка распространена в основном в восточной Украине и приграничных областях России (Курская, Белгородская, Воронежская). Это подтверждает версию о южнорусском или малороссийском происхождении. Встречается она редко — носителей немного, и в дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о позднем оформлении фамилии (вероятно, уже в XIX веке, когда крестьяне массово получали фамилии по прозвищам).

С точки зрения словообразования фамилия Бобовка стоит в одном ряду с такими же «растительными» фамилиями, как Гороховка, Капустка, Репка. Но если Гороховка могла быть образована от названия села или реки, то Бобовка почти наверняка прозвищная: слишком конкретна и бытова её основа. Никаких дворянских корней или известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия крестьянская, «из народа».