Фамилия Бобовкин принадлежит к типичным русским фамилиям, образованным от прозвища с помощью суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс указывал на родство: Бобовкин — значит «сын Бобовки» или «человек из рода Бобовки». Само прозвище Бобовка, скорее всего, связано с растением боб, его плодами. В народной речи «бобом» называли любое зернышко стручковых — гороха, фасоли. Прозвище могли дать за внешность (круглое лицо, небольшой рост) или за особенность характера.

Есть и другая, менее очевидная версия. У восточных славян, особенно у карпатских украинцев и русских, было устойчивое выражение «наесться бобов» в значении «забеременеть». Прозвище Бобовка в таком случае могло быть шутливым или иносказательным — так могли назвать позднего или неожиданного ребенка. Эта версия объясняет, почему фамилия не получила массового распространения: прозвище было слишком конкретным, почти внутрисемейным.

Исторические документы подтверждают, что прозвище Бобок и фамилия Бобков были в ходу уже в XVI веке. В первой половине XVI века известен Иван Борисович Бобок Туренин. В 1530 году упоминается Степан Иванович Бобков, а в 1562 году — межевщик Василий Гаврилович Бобков из Стародуба-Ряполовского. Фамилия Бобовкин, вероятно, возникла чуть позже, когда к основе Бобовка добавили типичный «сыновний» суффикс -ин.

По словообразовательной модели фамилия Бобовкин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Бобков, Бобов, Бобылёв. Разница в суффиксе указывает на разные варианты прозвища: Боб, Бобок, Бобовка. Бобовкин — самая редкая из этой группы, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища.