Фамилия Бобовков образована от прозвища или нецерковного имени Бобок. В русской традиции Бобком могли назвать человека за какую-то сходную черту — невысокий рост, коренастость, округлость фигуры (боб — предмет небольшой и округлый), а также за любовь к бобовым или даже за то, что человек сеял или торговал бобами. Слово «бобок» — уменьшительная форма от «боб», и в старину оно вполне могло быть самостоятельным прозвищем, а не только производным.

Суффикс -ов- в основе Бобовк- указывает на принадлежность: Бобовков — это «сын Бобовка» или «из семьи Бобовка». Интересно, что в фамилии двойной суффикс: сначала -к- (уменьшительный, как в «сынок»), затем -ов-. Такая модель встречается реже простых фамилий на -ов и часто указывает на то, что исходное прозвище было именно в уменьшительной форме. То есть предка звали не просто Боб, а Бобок, что могло звучать ласково или иронично.

По сравнению с однокоренными фамилиями — Бобов, Бобков, Бобаков — Бобовков встречается заметно реже. Если Бобовы и Бобковы широко распространены по всей России, то Бобовковы — более локальная фамилия. Основные очаги бытования, судя по доступным данным, приходятся на центральные и южные регионы России, в частности на Воронежскую и Ростовскую области. Это может говорить о том, что фамилия сложилась в среде однодворцев или крестьян чернозёмной полосы, где бобовые культуры были привычной частью хозяйства.

Версия о происхождении от бобровой охоты или от слова «бобр» маловероятна: в таком случае мы бы ожидали форму Бобров или Бобровников, а не Бобовков. Звуковое сходство здесь случайное. Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение — прозвище по внешности, занятию или шутливое именование.