Фамилия Бодненко образована от прозвища Бодня. Вероятно, оно ведет свое начало от аналогичного украинского нарицательного со значением «бочка», «кадушка с крышкой и замком». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Бодня относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть бочаром, то есть мастером по изготовлению бочек. Так и прозвище Бодня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Бодненко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бодня, со временем получил фамилию Бодненко. Так, в Книге памяти Оренбургской области упоминается конюх Яков Ефимович Бодненко, родившийся в 1896 году.