Фамилия Бодунковы — одна из тех, что образована напрямую от прозвища, без вмешательства церковного имени. В её основе лежит прозвище Бодунок, а то, в свою очередь, восходит к глаголу «бодать». В старых русских говорах это слово означало не только «толкать, бить, колоть рогами», но и шире — «толкать или пырять колом, рожном, рогатиной, вилами». Исходя из этого, у прозвища могло быть два основных значения.

Первое и самое очевидное — характер. Бодунком называли человека вспыльчивого, драчливого, склонного лезть в ссору, как бык. Второе значение связано с родом занятий. В некоторых говорах бытовало слово «бодец» — так называли охотника, который ходил с рогатиной на медведя. Если прозвище Бодунок дали по профессии, то предок носителей фамилии был, скорее всего, смелым промысловиком, а не просто задирой.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе прозвища (Бодунок) добавили патронимический суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Бодунков — это «сын Бодунка» или потомок человека с таким прозвищем.

Интересна и форма множественного числа — Бодунковы. В быту и официальных документах её часто употребляют, когда говорят о роде или семье в целом. Такая форма встречается реже, чем единственное число (Бодунков), и сразу выдаёт в носителях установку на родовую память, а не только на индивидуальную фамилию.

О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был долгим и неравномерным. Однако по модели образования можно уверенно сказать, что Бодунковы — фамилия недворянская, скорее крестьянская или посадская. В дворянские гербовники она не попала, а значит, её носители — потомки свободных или служилых людей, получивших фамилию по бытовому прозвищу предка.