Фамилия Бодунова — женская форма фамилии Бодунов, которая, в свою очередь, образована от прозвища Бодун. Основа здесь — глагол «бодать», то есть «толкать, бить, колоть рогами», а в переносном смысле — «толкать или пырять колом, рожном, рогатиной, вилами». Слово «бодун» в старых говорах могло относиться к человеку, который бодается — либо буквально, как бодливое животное, либо в переносном, человеческом смысле.

Самая прямая версия: прозвище Бодун давали вспыльчивому человеку, драчуну, который лез в ссору и «бодался» с окружающими. Однако есть и более узкое, профессиональное значение. В некоторых говорах существовало слово «бодец» — так называли охотника, который ходил с рогатиной на медведя. Если учесть, что «бодать» — это ещё и колоть рогатиной, то Бодуном могли прозвать не просто задиру, а человека опасного ремесла, например, зверобоя или медвежатника.

Морфологически фамилия проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бодунова — это дочь или жена Бодуна. В русской традиции такие фамилии на -ов/-ев закреплялись за крестьянским и мещанским сословием, а в центральных и северных губерниях встречались и у духовенства. Слово «бодун» не стоит путать с современным просторечным «бодуном» (похмелье) — это разные корни, и к фамилии оно отношения не имеет. Таким образом, предки носительницы фамилии Бодунова с большой вероятностью были либо людьми с крутым нравом, либо охотниками, владевшими рогатиной.