Фамилия Богафо — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и при поверхностном взгляде может показаться, что перед нами иноязычное заимствование. Однако, если присмотреться, в ней угадывается знакомая модель, только с необычным окончанием.

Скорее всего, Богафо — это русифицированная версия фамилии, образованной от прозвища или имени, которое звучало как Богаф. Основа здесь — корень «богат-» (от «богатый»), но с закономерным для некоторых говоров переходом «т» в «ф»: «богафый» вместо «богатый». Такая замена — не редкость в южнорусских и белорусских диалектах, где «т» перед гласным могло смягчаться и переходить в «ф» (ср. «кофта» вместо «кофта» — на самом деле обратный пример, но механизм тот же: неразличение звуков на стыке говоров). Таким образом, Богафо — это, по сути, «Богатов» или «Богатый», но оформленное не через типичный суффикс -ов, а через окончание -о. Такая модель (фамилии на -о) характерна для украинской традиции, где многие фамилии застыли в форме именительного падежа среднего рода: Богафо, как и, например, Нещадно, Круто.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение. В семинарской среде было принято переводить или переосмысливать фамилии на греческий или латинский лад. Богафо могло возникнуть как калька с греческого, где «богатый» — «плусиос», но это выглядит натяжкой. Проще предположить, что фамилию дали в среде, где говорили на суржике или смешанных говорах, и она закрепилась в таком виде при переписях.

Носители фамилии Богафо — это, скорее всего, потомки крестьян или мещан из южных регионов бывшей Российской империи, возможно, из современных Белгородской, Воронежской областей или с Украины. Прозвище Богафый (Богатый) могло указывать на зажиточность предка, но в крестьянской среде часто давалось иронично — бедняку, чтобы «задобрить» судьбу или в насмешку. Сегодня фамилия встречается крайне редко, что делает её своеобразным маркером локальной истории и диалектных особенностей, которые почти исчезли из живой речи.