Фамилия Боголёнов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а сложное слово, образованное от двух корней: «бог» и «лен». Вторая часть восходит к глаголу «ленить» — в древнерусском языке это означало не только «лениться», но и «медлить», «задерживаться», а в некоторых диалектах — «щадить», «беречь». Таким образом, исходное прозвище Боголён могло обозначать человека, который «бога ленит» — то есть не спешит обращаться к Богу, откладывает молитву, или же, напротив, того, кто «богом ленён» — то есть пощажён, помилован свыше. Вторая трактовка встречается реже, но лингвистически более правдоподобна: в старину «ленить» в страдательном залоге могло значить «быть пощажённым».

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён: Боголёнов — буквально «сын Боголёна». Фамилия не принадлежит к числу дворянских или семинарских — она скорее крестьянская или посадская, и её носители могли жить в северных и центральных губерниях, где сохранялись диалектные формы глагола «ленить». Встречается она редко, и это не случайно: сложные двухкорневые прозвища с компонентом «бог» обычно давались не в каждом селе, а точечно, по случаю.

У фамилии есть вариант написания через «е» — Боголенов, без ё, что может вводить в заблуждение при поиске в архивах. В дореволюционных метрических книгах букву «ё» часто не ставили, поэтому одна и та же семья могла записываться по-разному. Важно помнить: ударение в фамилии падает на последний слог — Боголёнов, а не Боголенов, что отличает её от внешне похожей фамилии Боголюбов (где корень «люб»).

С точки зрения словообразования, Боголёнов стоит в одном ряду с такими редкими фамилиями, как Богомолов, Богодаров, Богуславский, но в отличие от них, её основа не прозрачна для современного носителя. Именно эта затемнённость и делает фамилию интересной: за ней стоит не очевидное «богомольный» или «богом данный», а более тонкий смысл, связанный с понятием пощады или отсрочки.